法人税を計算する際に、経費となる金額を「損金」といいます。 寄付金については、他の経費とは違い、支払った寄付金のうち、「損金算入限度額」の範囲でしか損金にすることが出来ません。「損金算入限度額」とは、損金に算入出来る金額の限度額のことを言います。寄付金が一部しか損金にならないのは、ほかの経費と違って、寄付金は「事業を遂行するために必要なもの」と言い切れないからです。
そして、法人（この場合の「法人」というのは、株式会社などの営利法人だけではなく、もちろんＮＰＯ法人などの非営利法人にも適用されます）が、特定公益増進法人、認定ＮＰＯ法人などの税制上の優遇措置の対象となっている団体に寄付をした場合には、一般寄付金の損金算入限度額（一般枠）に加えて、別枠で損金に算入することができる特別損金算入限度額（特別枠）が設定されます。
計算式は以下の通りです。
① 一般寄付金の損金算入限度額（一般枠）
・資本金等がある法人（株式会社など）の場合
（資本金等×０．２５％＋所得金額×２．５％）÷４
・資本金等がない法人（ＮＰＯ法人など）の場合
所得金額×１．２５％
② 特別損金算入限度額（特別枠）
・資本金等がある法人（株式会社など）の場合
（資本金等×０．３７５％＋所得金額×６．２５％）÷２
・資本金等がない法人（ＮＰＯ法人など）の場合
所得金額×６．２５％
企業への寄付依頼の際などにおいて、税制上の優遇措置の対象となっている特定公益増進法人や認定ＮＰＯ法人が優利なのは、厳しい基準をクリアしていることへの信頼性に加えて、このような損金算入の「特別枠」が得られることで、税制上の後押しがあるからというわけですね。
ちなみに、国や自治体への「国等に対する寄付金」は全額損金算入することが出来ます。震災時の義援金等など財務大臣が指定したものも同じく全額損金算入することが出来ます。
